Le manuscrit clandestin représente un genre très particulier de la communication philosophique. On peut envisager le Colloquium Heptaplomeres de Jean Bodin, à la fin du XVIe siècle, comme l’archétype du genre, mais les quelques 200 textes répertoriés remontent pour la plupart à la deuxième partie du XVIIe et au siècle suivant. De l’âge libertin au plein épanouissement des Lumières, les manuscrits clandestins traversent une époque de transformations culturelles ; ces textes empruntent tour à tour au scepticisme de Montaigne et de Bayle, au rationalisme de Descartes ou de Malebranche, à la métaphysique spinoziste ou au mécanisme de Hobbes, à la méthodologie empiriste et sensualiste de Locke. Un aspect particulier de cette littérature clandestine est son intérêt pour la comparaison entre les grandes religions de la région méditerranéenne : le Christianisme, le Judaïsme, l’Islam. Au coeur de la recherche il y aura aussi une hypothèse à vérifier : à savoir, si ces textes de critique de la religion ont été capables d’éviter les dangers de l’antisémitisme et de l’islamophobie. On essayera aussi de dégager tout un courant de philosémitisme qui traverse le domaine de la littérature clandestine.